Современные Ганеману врачи практиковали методы лечения, известные как "героическая" медицина: главным образом, кровопускание, банки, вытягивание, послабление, обильное потоотделение и другие ужасы. Иногда для "очищения" пациента назначались большие дозы таких непонятных лекарств, как хлорид ртути, чтобы вызвать потоотделение или рвоту ("очистить" от болезни). Интересно отметить, что Джордж Вашингтон, простудившись после скачки в холодную, сырую погоду, умер в результате такого лечения. В три приема ему выпустили два литра крови, вызвав анемию и слабость; затем его врач дал ему слабительное и ртуть. Вашингтон умер в течение суток.
Ганеманн твердо верил (и проводил в жизнь) в физические упражнения, свежий воздух и правильное питание - в радикальный в то время подход к заботе о пациенте. Он экспериментировал также и с другими методами лечения. Одним из первых препаратов, с которыми он работал, была хинная кора - натуральный источник хинина, применяющаяся сейчас в лечении малярии. Употребление хинной коры здоровым человеком вызывало жар, озноб, жажду и пульсирующую головную боль - точные признаки малярии. Из этого и аналогичных экспериментов Ганеманн заключил, что вещество, вызывающее определенные симптомы у здорового человека, может вылечить больного, обнаруживающего те же признаки болезни. В течение следующих нескольких лет Ганеманн работал с кругом своих последователей над доказательством своего открытия. В 1810 году он опубликовал свой труд "Органон натуральной медицины", в котором изложил новую медицинскую систему, названную им гомеопатией ("Ни один орган, ни одна ткань, ни одна молекула не функционируют независимо от других, и жизнь частей превращается в жизнь целого") и сопроводил его 6-томным описанием своих открытий и доказательств. Ганеманн и его последователи встретили сопротивление и нападки со стороны официальных медиков, однако исследователь доказал превосходство своей системы успешным лечением во время эпидемии тифа, занесенного наполеоновской армией, отступавшей из России в 1813 году. Ганеманн умер в 1843 г., на его надгробии высечена надпись: Non inutilus vixi ("Я жил не напрасно")